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佑安医院与清华大学合作报道:COVID-19临床样本定性与定量检测比较

发布日(ri)期:2020-08-23

摘要

2020年8月23日,佑安医院(yuan)娄金丽团队(dui)和(he)(he)清华大学医学院(yuan)郭永团队(dui)合作,在(zai)Clinica Chimica Acta 发表题为(wei) “Comparison of qualitative and quantitative analyses of COVID-19 clinical samples” 的(de)(de)(de)文(wen)章(zhang)。该文(wen)章(zhang)使用(yong)逆(ni)转录实时荧(ying)光定(ding)量PCR(RT-qPCR)和(he)(he)液滴数字(zi)PCR(ddPCR),从定(ding)性和(he)(he)定(ding)量的(de)(de)(de)角(jiao)度对(dui)入组的(de)(de)(de)91例病例的(de)(de)(de)样本进(jin)行了分析,重点探(tan)讨了两种方法针对(dui)COVID-19的(de)(de)(de)诊断性能(neng)和(he)(he)适用(yong)性。

ddPCR显示比RT-qPCR具(ju)(ju)有更高的(de)灵敏度和更低(di)的(de)检测下限,并(bing)且它(ta)能提供绝对定量,且并(bing)不依赖(lai)于(yu)标准(zhun)曲(qu)线(xian),因(yin)此(ci),对于(yu)COVID-19的(de)研究和治疗指导,ddPCR比RT-qPCR具(ju)(ju)有更大的(de)优势。

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研究(jiu)背景

2019年末COVID-19疫情爆发以来,已经感染了超2000万人,并导致了超80万人的死亡,是目前全球公共健康面临的最大挑战。在疑似病例的确诊和排除中,病毒核酸检测因快速、准确、高灵敏的特性成为主要的诊断方法,目前主要以RT-qPCR和ddPCR两种方法进行样本的定性和定量分析,它们在COVID-19的诊治、监测、预防和控制中起着重要的作用。

方法与(yu)结果

本研究总(zong)共从30例确(que)诊(zhen)COVID-19的(de)患(huan)者和61例疑似排除(chu)患(huan)者中收集了117个样本,分别使用(yong)RT-qPCR和ddPCR(新羿生物)对这些(xie)样本进行定性和定量分析。对比发现:

1)RT-qPCR和ddPCR的(de)阳性(xing)检出率分(fen)别为93.3%和100%,ddPCR的(de)结果和临床(chuang)诊断结果的(de)一(yi)致性(xing)更(geng)高。

2)在这117个样(yang)(yang)本(ben)中,有(you)6个样(yang)(yang)本(ben)经RT-qPCR检测(ce)为(wei)单基(ji)因阳性,但(dan)经ddPCR鉴(jian)定为(wei)阳性,而(er)3个样(yang)(yang)本(ben)经RT-qPCR检测(ce)为(wei)阴(yin)性,但(dan)经ddPCR检测(ce)为(wei)阳性。这9例样(yang)(yang)本(ben)均来(lai)自确诊(zhen)患者,并且样(yang)(yang)本(ben)的病毒载量相对较低(3.1–20.5拷(kao)贝/测(ce)试(shi)),表(biao)明ddPCR比(bi)RT-qPCR具有(you)更(geng)高(gao)的灵(ling)敏度和更(geng)低的检测(ce)下(xia)限。

3)在(zai)46份(fen)(fen)阳性样本中(zhong),有17份(fen)(fen)样本(37%)的(de)病毒载量低(di)于20拷贝/测试,说明低(di)拷贝标(biao)本在(zai)临床检(jian)测中(zhong)并(bing)不少见。

4)在一名重症患者的动态监测(ce)中,来自该患者的所有6个样(yang)(yang)本经(jing)RT-qPCR检测(ce)均(jun)为(wei)阴性,但其中4个样(yang)(yang)本经(jing)ddPCR检测(ce)为(wei)阳性,这些样(yang)(yang)本的病毒载量低,表明ddPCR更加灵敏。

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研究结论

COVID-19是一种新(xin)的(de)传染病(bing),有(you)必要(yao)加深对(dui)该病(bing)的(de)研(yan)究(jiu)(jiu)以更(geng)(geng)好地进行疫情防(fang)控和诊治。定(ding)(ding)量分析为研(yan)究(jiu)(jiu)团队提(ti)供了(le)更(geng)(geng)多信息(xi),可能(neng)会加深对(dui)于(yu)COVID-19的(de)临床理解。ddPCR显示比RT-qPCR具(ju)有(you)更(geng)(geng)高(gao)的(de)灵(ling)敏度和更(geng)(geng)低的(de)检测下限,并且(qie)它(ta)能(neng)提(ti)供绝对(dui)定(ding)(ding)量,且(qie)并不依赖(lai)于(yu)标准曲线,因此(ci),对(dui)于(yu)COVID-19的(de)研(yan)究(jiu)(jiu)和治疗指导,ddPCR比RT-qPCR具(ju)有(you)更(geng)(geng)大(da)的(de)优势。

作者介绍

党燕、刘宁和陈芊如为该研究的(de)共(gong)同(tong)第一作(zuo)者,娄金丽和郭永为该研究的(de)共(gong)同(tong)通讯作(zuo)者。

参考资料

Dang Y, Liu N, Tan C, Feng Y, Yuan X, Fan D, Peng Y, Jin R, Guo Y, Lou J. Comparison of qualitative and quantitative analyses of COVID-19 clinical samples. Clinica Chimica Acta. 2020, 510:613-616.